وظايف شورای عالی مركز به شرح زير می باشد:
1. تصويب خط مشی پژوهشی مركز
2. تصويب طرح های همكاری با ساير دانشگاه ها و مؤسسات آموزشی-پژوهشی داخلی و خارج از كشور و سازمان های بين المللی مطابق مقررات و ضوابط مربوطه
3. بررسی و تصويب گزارش سالانه فعاليت های مركز
4. بررسی و تصويب بودجه سالانه مركز در محدوده اعتبارات تخصيصی و با رعايت ضوابط قانونی
5. تصويب دستورالعمل های مربوط به امور داخلی شورايعالی و دستورالعمل های اجرائی مركز تحقيقات
6. پيشنهاد سازمان و تشكيلات مركز
تبصره: مصوبات شورايعالی مركز بر اساس سياست ها و خط مشی ها و هماهنگی با وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشكی خواهد بود.